، جلد ۱۹، شماره ۱۲، صفحات ۸۹-۱۰۱
عنوان فارسی پیش بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های HBx و NOTCH۱ در هپاتوسلولار کارسینوما ناشی از هپاتیت Bمزمن
چکیده فارسی مقاله چکیده زمینه و هدف: هپاتوسلولار کارسینوما(HCC) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می‌شود. ویروس هپاتیت B و ژن HBx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان HCC دارند. هم‌چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به HCC احساس می‌گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش‏ بینی انواع مختلفی از miRNAها و ژن‏های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین ‏منظور، در این مطالعه با توجه به داده‏‌های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم‏های مختلف، miRNAهای هدف گیرنده ژن‏های HBx و NOTCH1 براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار‌های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند. مواد و روش‏ ها: ابتدا توالی ژن‏ های HBx و NOTCH1 از سایت NCBI دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک TargetScan، mirWalk ، miRBase ، Miranda ، PicTar ، miRVir و DIANA به بررسی و پیش‏گویی miRNAها پرداخته شد. یافته‏ ها: با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار‌های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،miR-34a به عنوان هدف گیرنده ژن NOTCH1 و miR-6510، miR-5193 و miR-214 به عنوان عوامل هدف گیرنده ژنHBx معرفی گردیدند. نتیجه‏ گیری: با توجه به نقش تومورساپرسوری miR-214 و miR-34a در انواع سرطان‌ها احتمالا بتوان از آن‌ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم‌چنین به نظر می‌رسد که miR-5193 یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان HCC باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله بیوانفورماتیک، هپاتوسلولار کارسینوما، miRNA
عنوان انگلیسی Bioinformatic Prediction of miRNAs Targeting NOTCH1 and HBx Genes in Chronic Hepatitis B-Induced Hepatocellular Carcinoma
چکیده انگلیسی مقاله Abstract Background: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third major cause of cancer death worldwide. Hepatitis B virus (HBV) and HBx gene play an important role in the development of HCC by influencing signaling pathways. Since there is no detectable symptom in the early phase of HCC, there is need to find new HCC-specific markers with high sensitivity for early detection and diagnosis of HCC. On the other hand, by the advent and development of bioinformatic sciences, it is now possible to predict miRNAs as biomarkers, and their targets. Therefore, in the present study, based on the results of the bioinformatic software applications with different algorithm, we selected the miRNA targeting HBx and NOTCH1 mRNAs according to higher score, suitable connection with target gene and confirming them in more softwares. Materials and Methods: First, the sequences of NOTCH1 and HBx genes were retrieved from NCBI. Afterwards, several software applications such as TargetScan, mirWalk, miRBase, Miranda, PicTar, miRVir, and DIANA were applied to predict miRNAs. Results: Based on the high scoring by bioinformatics softwares and suitable targeting, miR-34a were selected to target NOTCH1 and miR-6510, miR-5193 and miR-214 were chosen to targetHBX gene. Conclusion: Because of tumor suppression roles of miR-214 and miR-34a, they probably could be used as therapeutic strategy in cancer researches. It is also seems that the miR-5193 could act as a specific marker in Hepatocellular carcinoma.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Bioinformatics, Hepatocellular carcinoma, MicroRNA
نویسندگان مقاله نیلوفر مرادی | Niloofar Moradi
MSc of Biotechnology
گروه زیست فن‏آوری و پزشکی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

مهدی پریان | Mehdi Paryan
Department of Research and Development, Production and Research Complex, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran
بخش تحقیق و توسعه، مجتمع تولیدی و تحقیقاتی انستیتوپاستور ایران، تهران، ایران

بهزاد خوانساری نژاد | Behzad Khansarinejad
Department of Microbiology and Immunology, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

محمد رفیعی | Mohammad Rafiei
Department of Biostatistics, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
گروه آمارزیستی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

مهدیه موندنی زاده | Mahdieh Mondanizadeh
Department of Biotechnology and Molecular Medicine, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
گروه زیست فناوری و پزشکی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

نشانی اینترنتی http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3686-2&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/2736/article-2736-2048581.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده علوم پایه
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی اصیل
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات