|
|
، جلد ۱۴، شماره ۴، صفحات ۶۰-۶۸
|
|
|
| عنوان فارسی |
به کارگیری یک سری جدید پرایمرهای دژنره برای جدا سازی همزمان ناحیه بسیار متغیر V۳-Loop از ژنوتیپهای متفاوت HIV-۱ |
|
| چکیده فارسی مقاله |
زمینه و هدف: واکنش زنجیره پلیمراز(PCR) رایج ترین تکنیک در عرصه زیست شناسی مولکولی است که برای تکثیر یک توالی اختصاصی اسید نوکلئیک به کار میرود. پرایمرهای دژنره دارای توانایی تکثیر توالیهای وابسته اما متفاوت هستند. هدف مطالعه حاضر استفاده از دو جفت پرایمر دژنره در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن پوشش طیف وسیعی از ساب تایپهای ویروس HIV-1 است. مواد و روش ها: در مطالعه تجربی حاضر یک جفت پرایمر دژنره طراحی و بهینه سازی گردید و در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن env طیف وسیعی از ژنوتیپهای ویروس HIV-1 که دارای تغییرات نوکلئوتیدی بسیار شدید است استفاده گردید. روش طراحی شده، برروی 40 نمونه سرم مثبت HIV، 10 کنترل منفی و ژنوم انسانی و 5 نمونه از هر کدام از ویروسهای HBV,HCV,HGV,TTV انجام شد. یافتهها: پس از بهینه سازی، در 35 مورد از 40 نمونه مثبت باند مورد نظر مشاهده شد. در هیچ یک از نمونههای کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. علاوه بر آن در نمونههای مثبت باند غیر اختصاصی تشکیل نشده بود. نتیجه گیری: در این مطالعه علاوه بر PCR متداول، از دو پرایمر دژنره با قابلیت اتصال به نواحی اختصاصی از ژنوم استفاده گردید. در حقیقت محصولات PCR واکنش اول به عنوان DNA الگو برای یک جفت پرایمر داخلی مورد هدف قرار میگیرد و منجر به تولید محصولاتی با اندازههای کوچکتر و با حساسیت بالاتر به دلیل دژنره بودن، خواهد بود. بر اساس یافتههای مطالعه، روش طراحی شده دارای مزیتهایی شامل تأیید محصولات اولیه و افزایش حساسیت روش تشخیص میباشد. |
|
| کلیدواژههای فارسی مقاله |
|
|
| عنوان انگلیسی |
Application of new degenerate primer set for simultaneous isolation of hyper variable subunit of ENV gene from distinct HIV-1 genotypes |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Background: Polymerase chain reaction is the most common technique in the field of molecular biology that use for amplification of a specific nucleic acid sequence. Degenerate primers have ability to amplify related but distinct sequences. The aim of current study was to use, two sets of degenerate primers in combination with Hemi Nested PCR for detection V3-Loop sequence of envelope gene from wide spectrum of Human Immunodeficiency Virus (HIV) subtypes. Material and Methods: In this experimental study we designed and optimized, a degenerate primer pair in combination with Hemi Nested PCR, to detect HIV-1 V3 loop from Envelop gene that has wide variations among genotypes. The developed assay was used to check, 40 HIV infected, 10 negative controls as well as 5 samples from each HCV, HBV, HGV, and TTV were analyzed using developed method. Results: after optimization, 35 out of 40 positive controls were positive using our test. None of the negative human and viral control samples showed specific band. Also, in positive samples, non-specific bands were not detected. Conclusion: In this study moreover than standard PCR, we used two degenerate primers that could detect specific region of genome. In fact, first round of PCR product act as a template for second round inner primers and can produce smaller sequence with high sensitivity due to degeneracy. Based on the current investigation, the developed assay had advantages including product confirmation and hence more sensitivity. |
|
| کلیدواژههای انگلیسی مقاله |
Degenerate Primers For Pcr, V3- Loop, Hiv, Rt-Pcr |
|
| نویسندگان مقاله |
شهاب فلاحی | Shahab Falahi
مهرداد روانشاد | Mehrdad Ravashad
گروه ویروس شناسی پزشکی، دانشگاه تربیت مدرس تهران- ایران
عذرا کنارکوهی | Azra Kenarkoohi
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-638-1&slc_lang=fa&sid=1 |
| فایل مقاله |
اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/2736/article-2736-2049222.pdf |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
عفونی |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی اصیل |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|