|
|
، جلد ۲۰، شماره ۹، صفحات ۹۶-۱۰۹
|
|
|
| عنوان فارسی |
بررسی میزان بیان miRNA جهت تشخیص زودهنگام سرطان با استفاده از دروازه‌های منطقی DNA |
|
| چکیده فارسی مقاله |
چکیده زمینه و هدف: محاسبات مبتنی بر DNA زمینه تحقیقاتی نوینی است که امکان محاسبه و تصمیمگیری درون بافت زنده را با دقت بسیار بالا فراهم میکند. پژوهشهای نوین گویای آن است که میزان بیان بیومارکرهایی نظیر miRNA با وقوع شرایط رخداد بیماری‌هایی مانند انواع سرطانها رابطه معناداری دارد. محاسبات DNA به عنوان روشی کمهزینه، سریع و دقیق برای تشخیص این بیومارکرها معرفی شده است. در این پژوهش روند آزمایشگاهی ساخت گیت‌های منطقی مبتنی بر DNA با هدف تشخیص میزان بیان miR-21 به عنوان بیومارکر سرطان ریه بررسی شده است. مواد و روش ها: ابتدا رشته مورد نیاز برای طراحی گیت DNA سنتز گردید. سپس دو رشتهای گیت منطقی با انجام یک گرادیان دمایی ایجاد شده و در یک پروسه دقیق با استفاده از الکتروفورز تخلیص شده است. این دو رشته به عنوان ماشین محاسبه منطقی برای تشخیص سطح بیان miR-21 استفاده میشود. ورودی گیت طراحی‌شده، رشته miR-21 است و پس از انجام محاسبه، میزان بیان miR-21 با اندازهگیری مقدار فلورسنت آزاد شده، مشخص میشود. یافته ها: گیت منطقی طراحی‌شده در ابتدا روی رشتههای ورودی سنتز شده سپس روی بافت توموری واقعی تست شده است. نتایج آزمایشهای انجام‌شده نشاندهنده آن است که میزان قدرت تفکیک به دست آمده، حدود 5/2 برابر بهتر از روش‌های مشابه میباشد. نتیجه گیری: نتایج آزمایش گیت منطقی روی بافت توموری نیز موفقیت‌آمیز بوده و قابلیتهای روش ارائه‌شده را تأیید مینماید. نتایج گویای آن است که این روش از نظر زمان انجام و هزینه در حد قابل‌توجهی از روش Real time PCR مناسبتر میباشد. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
محاسبات DNA، گیت‌های منطقی DNA، miRNA، تشخیص زودهنگام، سرطان |
|
| عنوان انگلیسی |
Profiling the miRNAs for Early Cancer Detection using DNA-based Logic Gates |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Abstract Background: DNA-based computing is an emerging research aspect that enables the in-vivo computation and decision making with significant correctness. Recent papers show that the expression level of miRNAs are related to the progress status of some diseases such as cancers and DNA computing is introduced as a low cost and concise technique for detection of these biomarkers. In this paper, DNA-based logic gates are implemented in the laboratory to detect the level of miR-21 as the biomarker of cancer. Materials and Methods: At the first, required strands for designing DNA gates are synthesized. Then, double stranded gate is generated in laboratory using a temperature gradient that followed by electrophoresis process. This double strand is the computation engine for detecting the miR-21 biomarker. miR-21 is as input in designed gate. At the end, the expression level of miR-21 is identified by measuring the generated fluorescent. Results: at the first stage, the proposed DNA-based logic gate is evaluated by using the synthesized input strands and then it is experimented on a tumor tissue. Experimental results on synthesized strands show that its detection quality/correctness is 2.5x better than conventional methods. Conclusion: Experimental results on the tumor tissues are successful and are matched with those are extracted from real time PCR results. Also, the results show that this method is significantly more suitable than real time PCR in view of time and cost. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
|
|
| نویسندگان مقاله |
طاهره یحیی | Tahereh Yahya
Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Varamin-Pishva Branch, Islamic Azad University, Varamin, Iran
گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد ورامین-پیشوا، دانشگاه آزاد اسلامی، ورامین، ایران.
شهره زارع کاریزی | Shohreh Zare Karizi
Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Varamin-Pishva Branch, Islamic Azad University, Varamin, Iran
گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد ورامین-پیشوا، دانشگاه آزاد اسلامی، ورامین، ایران.
علی جهانیان | Ali Jahanian
Department of Computer Architecture, Faculty of Computer Science and Engineering, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
گروه معماری کامپیوتر، دانشکده مهندسی و علوم کامپیوتر، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-4991-1&slc_lang=fa&sid=1 |
| فایل مقاله |
اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/2736/article-2736-2048494.pdf |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
علوم پایه |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی اصیل |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|