|
|
، جلد ۲۰، شماره ۵، صفحات ۸۹-۱۰۲
|
|
|
| عنوان فارسی |
غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌های آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب انسانی از گیاهان دارویی |
|
| چکیده فارسی مقاله |
چکیده زمینه و هدف: هپاتیت ب انسانی یکی از مشکلات عمده سلامت عمومی و از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان است. بنابراین، اخیراً معرفی دارو‌های موثر ضد هپاتیت ب مورد توجه قرار گرفته است. هدف از بررسی حاضر، غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌های جدید آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب از دو گیاه Terminalis chebula و Caesalpinia sappan می‌باشد. مواد و روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام شد. در پژوهش حاضر ، ساختار سه بعدی آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب به روش هومولوژی مدل‌سازی شد. ترکیبات گیاهی مورد بررسی از گیاهان مذکور نیز از پایگاه داده‌های Pubchem در قالب SDF دریافت شد. غربال‌گری بیوانفورماتیکی با استفاده از داکینگ مولکولی بین ترکیبات گیاهی و آنزیم مدل‌سازی شده توسط نرم افزار 2.1 iGemdock انجام شد. یافته‌ها: نتایج نشان داد که تمامی ترکیبات مورد بررسی دارای حداقل سمیت و بدون سمیت ژنتیکی بوده و برهم‌کنش‌های مناسبی را با پلیمراز مورد بررسی ایجاد می‌کنند. علاوه بر این، مشخص شد که اغلب برهم‌کنش‌ها در ناحیه‌ی رونوشت بردار معکوس در ناحیه‌ی 694-354 از توالی آمینواسیدی رخ می‌دهند. تحلیل انرژی و آمینواسید‌های درگیر در برهم‌کنش لیگاند-پلیمراز مورد بررسی نشان داد که سه ترکیب Terchebin، Chebulinic Acid و Terflavin A برهم‌کنش‌های موثرتری را با آنزیم مورد بررسی ایجاد می‌کنند. نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که ترکیبات مورد مطالعه نامزد‌های مناسبی جهت بررسی آزمایشگاهی و درون تنی با هدف معرفی دارو‌های ضد هپاتیت ب می‌باشند. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
آنزیم DNA پلیمراز، بیوانفورماتیک، گیاه دارویی، ویروس هپاتیت ب |
|
| عنوان انگلیسی |
In Silico Screening Hepatitis B Virus DNA Polymerase Inhibitors from Medicinal Plants |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Abstract Background: Hepatitis B virus infection (HBV) is a significant global health problem and is a major cause of morbidity and mortality worldwide. Therefore, currently, introducing novel anti Hepatitis B drugs is taken into consideration. This study was planned to in silico screening novel Hepatitis B virus DNA polymerase inhibitors from two medicinal plants Terminalis chebula and Caesalpinia sappan. Materials and Methods: This is a descriptive-analytic study. In the study, three-dimensional structure of the Hepatitis B virus DNA polymerase was predicted using homology modeling method. A set of phytochemicals from mentioned plants were retrieved from Pubchem database in SDF format. In silico screening was carried out using molecular docking between mentioned phytochemicals and modeled polymerase by iGemdock 2.1 software. Results: Results of the study confirmed that all evaluated ligands have appropriate interactions to the polymerase with least toxicity and without genotoxicity potential. Results also showed that most interactions occur in reverse transcriptase domain which located in 354-694 area in the amino acid sequence of tested polymerase. Analysis of energy and amino acids involved in ligand-polymerase interaction revealed that Terchebin, Chebulinic Acid and Terflavin A have more effective interaction with the polymerase in compared to other ligands. Conclusion: Based on the results it can be concluded that evaluated compounds could be good candidates for in vitro and in vivo research in order to develop novel anti- Hepatitis B drugs. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
|
|
| نویسندگان مقاله |
مختار نصرتی | Mokhtar Nosrati
Department of Biotechnology, Faculty of Advanced Sciences and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فنآوری‌های نوین، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
زهرا شاکران | Zahra Shakeran
Department of Biotechnology, Faculty of Advanced Sciences and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فنآوری‌های نوین، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
زینب شاکران | Zainab Shakeran
Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran
گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3278-6&slc_lang=fa&sid=1 |
| فایل مقاله |
اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/2736/article-2736-2048533.pdf |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
علوم پایه |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی اصیل |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|