، جلد ۱۷، شماره ۲، صفحات ۷۳-۸۱
عنوان فارسی بررسی بیوانفورماتیک عملکرد ۱۲۴-miR بر روی فاکتورهای نسخه‌برداری دخیل در فرایند تمایز نورونی
چکیده فارسی مقاله زمینه و هدف: اگرچه ملکول 124-miR به عنوان یک القاکننده نوروژنز شناخته شده است، با این حال بررسی‌های انجام شده بر روی اهداف آن بسیار اندک است و مکانیسم‌های عملکرد آن در تمایز به سمت سلول‌های عصبی و نگهداری سلول‌های عصبی در حالت تمایز یافته ناشناخته می‌باشد. روش میکرواری به عنوان روش استاندارد برای مطالعه کلی ژن‌های تحت کنترل miRNAها مطرح است. با این حال هزینه بسیار زیاد این روش استفاده از آن را در اغلب مراکز علمی با محدودیت مواجه است. از سوی دیگر پیشرفت الگوریتم‌های بیوانفورماتیکی و سیستم‌های مدل‌سازی کامپیوتری منجر به توسعه نرم افزارهای بیوانفورماتیکی شده‌اند که توانایی پیش‌بینی اهداف mRNA برای mi-RNAها را دارند. از این‌رو هدف این پژوهش تئوری بررسی بیوانفورماتیک اثر 124-miR بر روی فاکتور‌های نسخه‌برداری دخیل در فرآیند تکثیر سلولی و تمایز به سمت سلول‌های ‌نورونی، با استفاده از نرم افزارهای مختلف و اختصاصی می‌باشد. مواد و روش‌ها: با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های تارگت اسکن، دایانا و میرواک، فاکتورهای نسخه‌برداری که هدف بالقوه عملکرد 124-miR بودند، مشخص شدند. سپس از ژن‌های کاندید شده براساس متغیرهایی هم‎چون قدرت اتصال ناحیه هسته 124-miR و تعداد تکرار ناحیه هدف در قسمت ´3-UTR فاکتور رونویسی یک جدول امتیاز تهیه شد. در نهایت فاکتور رونویسی دارای بالاترین امتیاز به عنوان کاندید بررسی‌های عملی انتخاب گشت. یافته‌ها: نتایج بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که ملکول‌های LAMC1، ITGB1، PTBP1، SOX9، SP1 و EFNB1 با بیش‎ترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت اثر 124-miR قرار گیرند. نتیجه‌گیری: به نظر می‌رسد که فاکتور نسخه برداری SP1 تحت کنترل 124-miR می‌باشد و نقش مهمی در فرآیند نوروژنز ایفا می‌کند. از این رو این پروتئین می‌تواند به عنوان کاندید جدید مناسبی جهت بررسی‌های تجربی در نظر گرفته شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله میکرو RNA، فاکتورهای نسخه برداری، نورون‌زایی، بیوانفورماتیک، 124-miR
عنوان انگلیسی Bioinformatic Evaluation of the MiR-124 Effect on Transcription Factors Involved in Neorogenesis Process
چکیده انگلیسی مقاله Background: Although miR-124 molecule has been known as an inducer of neurogenesis, few researches have been done on the targets of this molecule and its functional mechanisms in differentiation toward neurons and maintaining neuronal state. The microarray technique has been established as the reference method for studying the genes under the control of miRNAs. However, the high cost of this method has hampered its use in most research centers. On the other hand, the improvement of bioinformatical algorithms and computer modeling systems has led to the development of the bioinformatical softwares that can predict mRNA targets for miRNAs. Therefore, the aim of this theoretical study was to bioinformatically evaluate the effect of miR-124 on transcription factors that can be involved in neurogenesis and neuronal cell amplification, by using various specific softwares. Materials and Methods: Using different algorithms in TargetScan, DIANA and miRWalk databases, the potential transcription factors targets of miR-124 were identified. Then, a score table was prepared from the candidate genes, based on the affinity of the seed region of miR-124 and the number of targets in the 3`-UTR region of transcription factors. Finally, transcription factors with higher scores were chosen as candidates for practical analysis. Results: The results of bioinformaical analysis showed that the LAMC1, ITGB1, PTBP1, SOX9, SP1, and EFNB1 molecules are the most potential factors that might be affected by miR-124 during neurogenesis. Conclusion: It seems that transcription factor SP1 is under the control of the miR-124 and plays a crucial role in neurogenesis process. Therefore, this protein can be considered as a suitable new candidate for experimental evaluation.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله مهدیه موندنی زاده | Mahdieh Mondanizadeh
Department of Molecular Medicine and Genetics, Molecular Medicine Research Center, Hamedan University of Medical Sciences, Hamedan, Iran
دانشجوی PhD پزشکی ملکولی، گروه پزشکی مولکولی و ژنتیک پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران

قاسم مسیبی | Ghasem Mosayebi
Department of Microbiology and Immunology, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
استاد، گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

احسان عارفیان | Ehsan Arefian
. Department of Biology and Microbiology, Tehran University, Tehran, Iran
استادیار، گروه زیست شناسی و میکروبیولوژی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

مسعود سعیدی جم | Massoud Saidijam
Department of Molecular Medicine and Genetics, Molecular Medicine Research Center, Hamedan University of Medical Sciences, Hamedan, Iran
ایران، همدان، دانشگاه علوم پزشکی همدان، گروه پزشکی مولکولی و ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی

بهزاد خوانساری نژاد | Behzad Khansarinejad
Molecular and Medical Research Center, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran
استادیار، مرکز تحقیقات مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران

نشانی اینترنتی http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2019-2&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/2736/article-2736-2048920.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده علوم پایه
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی اصیل
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات